Curriculum vitae

Ing. Natalia Kulík, Ph.D.

ORCID: 0000-0003-2005-8165

Afiliace

Centrum Algatech, Mikrobiologický ústav Akademie věd České republiky, Novohradská 237 - Opatovický mlýn, 379 01 Třeboň, ČR

Pozice

Postdoktorand

Vzdělání

• 2000 - 2005, Běloruská národní technická univerzita (Fakulta přírodních zdrojů a ekologie), Minsk, Bělorusko, titul – Ing.
• 2006 - 2011, doktorské studium na Jihočeské univerzitě v Českých Budějovicích v oboru Biofyzika, Ústav fyzikální biologie, Nové Hrady, Česká republika. Školitel prof. R. Ettrich. Ph.D, práce „Modelování interakcí substrát-enzym v hydrolázách hub“, titul - Ph.D.
• 2013, Gaussova dílna
• 2021, CHARMM-GUI CECAM School
• 2024, Programování v Pythonu v biologii a chemii

Zaměstnání

• 2007 - 2011, odborný pracovník, Jihočeská univerzita, Přírodovědecká fakulta, Branišovská 31a, 370 05 České Budějovice, ČR 
• 2007 - 2011, odborný pracovník, Ústav nanobiologie a strukturní biologie Akademie věd ČR, Zámek 136, 373 33 Nové Hrady, ČR 
• 2011 - 2016, postdoktorand, Ústav nanobiologie a strukturní biologie Akademie věd ČR, Zámek 136, 373 33 Nové Hrady, ČR 
• 2016 - 2022, postdoktorand, Mikrobiologický ústav AV ČR, Zámek 136, 373 33 Nové Hrady, ČR
• 2023 - nyní, Centrum Algatech, Mikrobiologický ústav Akademie věd České republiky, Novohradská 237 - Opatovický mlýn, 379 01 Třeboň, ČR

Výuka a supervize 

• vedení práce zahraničního studenta na vědeckých projektech v rámci mezinárodních letních škol pořádaných Jihočeskou univerzitou a Akademií věd ČR v Nových Hradech
• asistence při kurzu Bioinformatiky pořádaném Jihočeskou univerzitou

Výzkumný zájem

Mám zkušenosti s výpočetní strukturní biologií včetně následujících oblastí: homologní modelování rozpustných proteinů, membránových proteinů (TRK kanály a fotosystém II); fylogentická analýza; predikce a analýza mutací pro enzymové inženýrství; virtuální screening inhibitorů a dokování ligandů; analýza molekulárních vlastností a interakcí pomocí MD simulace (GROMACS, Yasara). Působím jako review editor v časopise Frontiers in Molecular Biosciences, sekce Biological Modeling and Simulation.

Publikace

1. Křístková, B, Martínková, L*, Rucká, L, Kotik, M, Kulik, N, Rädisch, R, Winkler, M, Pátek, M: Immobilization of aldoxime dehydratases on metal affinity resins and use of the immobilized catalysts for the synthesis of nitriles important in fragrance industry. Journal of Biotechnology 384, 12-19, 2024. https://doi.org/10.1016/j.jbiotec.2024.02.005
2. Kulik N., Minofar B., Jugl A., Pekař M. Computational Study of Complex Formation between Hyaluronan Polymers and Polyarginine Peptides at Various Ratios. Langmuir (2023) 39(40),14212-14222.
3. Kulik N., Kutý M., Řeha D. The study of conformational changes in photosystem II during a charge separation. J. Mol. Model. (2020) 26(4), 75.
4. Nekvasilová P., Kulik N., Kotik M., Petrásková L., Slámová K., Křen V., Bojarová P.: Mutation hotspot for changing the substrate specificity of β-N-Acetylhexosaminidase: a library of GlcNAcases. Int. J. Mol.Sci. (2022) 23(20), 12456.
5. Weber P., Mészáros Z., Jagečić D., Hribljan V., Mitrečić D., Bojarová P., Slámová K., Vrba J., Kulik N., Křen V., Stütz A. E.: Diaminocyclopentane-derived O-GlcNAcase inhibitors for combating tau hyperphosphorylation in Alzheimer’s disease. Chem. Commun. (2022) 58(63), 8838–8841.
6. Mészáros Z., Petrásková L., Kulik N., Pelantová H., Bojarová P., Křen V., Slámová K.: Hypertransglycosylating variants of the GH20 β-N-Acetylhexosaminidase for the synthesis of chitooligomers Adv. Synth. Catal. (2022) 364, 2009.
7. Pingitore V., Martinez-Bailen M., Carmona A.T., Meszaros Z., Kulik N., Slamova K., Kren V., Bojarova P., Robina I., Moreno-Vargas A.J.: Discovery of human hexosaminidase inhibitors by in situ screening of a library of mono- and divalent pyrrolidine iminosugars. Bioorg. Chem. (2022) 120, 105650.
8. Fadaei F., Seifert M., Raymond J. R., Řeha D., Kulik N., Minofar B., Heitz M. P.: Interactions between a dsDNA oligonucleotide and imidazolium chloride ionic liquids: effect of alkyl chain length, Part I. Molecules  (2021) 27(1), 116. IF (2021) = 4.927
9. Hovorková M., Kulik N., Konvalinková D., Petrásková L., Křen V., Bojarová P.: Mutagenesis of catalytic nucleophile of β-galactosidase retains residual hydrolytic activity and affords a transgalactosidase. ChemCatChem, (2021) 13(21), 4532-4542. IF (2021) = 5.497
10. Shamayeva K., Spurna K., Kulik N., Kale D., Munko O., Spurny P., Zayats V., Ludwig J.: MPM motifs of the yeast SKT protein Trk1 can assemble to form a functional K+-translocation system. BBA-Biomembranes (2021) 1863(2), 183513. IF (2021) = 4.019
11. Martínková L., Příhodová R., Kulik N., Pelantová H., Křístková B., Petrásková L., Biedermann D.: Biocatalyzed reactions towards functional food components 4-Alkylcatechols and their analogues. Catalysts (2020) 10(9), 1077. IF (2020) = 4.146
12. Rucká L., Kulik N., Novotný P., Sedova A., Petrásková L., Příhodová R., Křístková B., Halada P., Pátek M., Martínková L.: Plant nitrilase homologues in fungi: phylogenetic and functional analysis with focus on nitrilases in Trametes versicolor and Agaricus bisporus. Molecules (2020) 25(17), 3861.
13. Nekvasilová P., Kulik N., Rychlá N., Pelantová H., Petrásková L., Bosáková Z., Cvačka J., Slámová K., Křen V., Bojarová P.: How site-directed mutagenesis boosted selectivity of a promiscuous enzyme. Adv. Synth. Catal. (2020) 362, 4138.
14. Garcia-Oliva C., Hoyos P., Petrásková L., Kulik N., Pelantová H., Cabanillas A.H., Rumbero Á., Křen V., Hernáiz M.J., Bojarová P.: Acceptor specificity of β-N-Acetylhexosaminidase from Talaromyces flavus: a rational explanation. Int. J. Mol. Sci. (2019) 20(24), 6181.
15. Rucká L., Chmátal M., Kulik N., Petrásková L., Pelantová H., Novotný P., Příhodová R., Pátek M., Martínková L.: Genetic and functional diversity of nitrilases in agaricomycotina.  Int. J. Mol. Sci. (2019). 20(23), 5990.
16. Bojarová P., Kulik N., Hovorková M., Slámová K., Pelantová H., Křen V.: The β-N-Acetylhexosaminidase in the synthesis of bioactive glycans: protein and reaction engineering. Molecules (2019) 24(3), 599.
17. Bojarová P., Kulik N., Slámová K., Hubálek M., Kotik M., Cvačka J., Pelantová H., Křen V.: Selective β-N-acetylhexosaminidase from Aspergillus versicolor-a tool for producing bioactive carbohydrates. Appl. Microbiol. Biot. (2019) 103(4), 1737–1753.
18. D'Oronzo E., Secundo F., Minofar B., Kulik N., Pometun A.A., Tishkov V.I.: Activation/inactivation role of ionic liquids on formate dehydrogenase from Pseudomonas sp. 101 and its mutated thermostable form. ChemCatChem (2018) 10, 3247.
19. Borthakur P., Boruah P.K., Das M.R., Kulik N., Minofar B.: Adsorption of 17α-ethynyl estradiol and β-estradiol on graphene oxide surface: An experimental and computational study. J. Mol. Liq. (2018) 269, 160-168.